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Los únicos datos que se tienen sobre el pasado de Rei, es que nació el mismo día en el que ocurrió el Segundo Impacto, catástrofe que elimino a más de la mitad de la vida en la tierra.

Posterior a eso, la primera aparición de Rei frente a Shinji, es en el día del ataque del primer ángel, ante la negativa de Shinji a subirse al Eva 01, Gendo la envía en su reemplazo a pesar de su grave estado tras la prueba fallida con la Unidad-00; aunque al final Shinji acepta. Shinji comienza a sentir interés por ella, dado a que ambos son pilotos, van a la misma clase y ella tiene mejor relación con Gnedo que la que tiene Shinji con su padre. Se muestra sumisa y dócil, con sentimientos reprimidos, pero muestra su enojo al escuchar a Shinji criticar a su padre, generando un cierto respeto por parte de Shinji hacia ella,

En el ataque de un ángel, Misato realiza un plan de ataque que involucra a ambos Evas. El ángel es destruido, la Unidad-00 es severamente dañada, y Shinji, preocupado por el estado de Rei, abre la capsula, quemándose levemente las manos en el proceso, y Rei, en agradecimiento a su preocupación, le expresa una sonrisa y un agradecimiento a Shinji.

Luego de un tiempo, Asuka Langley Sohryu se une al equipo e intenta interactuar con Rei, pero se muestra inexpresiva ante la nueva piloto. "Seré tu amiga, si me ordenan serlo". Luego de varios enfrentamientos éxitos contra otros ángeles, Rei comienza a ser ligeramente más expresiva luego de que Asuka la cataloga como "La muñeca del comandante"

En un enfrentamiento contra un ángel, Rei queda en desventaja y Shinji es enviado a salvarla. El ángel comienza a contaminar a la Unidad-00 y Rei en un acto por evitar una falla grave decide activar la secuencia de auto-destrucción del EVA. Provocando la destrucción del ángel, de la Unidad-00, gran parte de Tokyo 3 y su propia muerte.