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Gendo Rokubungi, fue un estudiante bajo el cargo del profesor Kono Fuyutsuki, con quien estableció una estrecha amistad, conociendo posterior mente a Yui Ikari quien se convertiría en su esposa, aunque muchos pensaban que la causa de su relación era por las conexiones que tenía Yui con SEELE.

En comienzos del siglo XXI, Gendo adopto el apellido Ikari al casarse con Yui; de este matrimonio, nace Shinji Ikari. Ambos dos mantuvieron sus trabajos experimentales con relación a los Evangelion, con Yui como investigadora principal y Gendo ascendiendo de puesto. Pero con la muerte de Yui tras un experimento con la Unidad-01, Gendo se convirtió en hombre de actitud fría y distante, mandando a Shinji a vivir con un tutor. Su cambio de personalidad se comprobó en el momento en el que utilizo a Naoko Akagi y a su hija Ritsuko Akagi para sus planes, mientras ayudaba a SEELE a cumplir sus objetivos.

En un fallo de primera prueba de activación de la Unidad-00, Rei Ayanami termina lesionada y Gendo, en un acto inesperado para todos, se quemas las manos al abrir la puerta sobrecalentada de la capsula para salvar a Rei. Y en proceso de cumplir sus planes, llama a su a hijo a Tokio 3, para que sea el nuevo piloto de la Unidad-01.