NERV es una organización privada bajo la supervisión directa de la ONU, con una autoridad limitada sobre la administración local y, en cierta medida, sobre las fuerzas militares de las Naciones Unidas. Sin embargo, en realidad NERV es esencialmente independiente durante el desarrollo de sus operaciones.

Según parece, muchos miembros de la ONU inicialmente no se tomaban en serio a la organización. Sin embargo, como resultado de la incapacidad de las fuerzas militares convencionales para combatir a los ángeles, el mando de las operaciones fue puesto en manos de NERV. Durante el transcurso de la serie, el desarrollo de las estrategias siempre se deja en manos del personal de más alto rango de NERV, sin recibir ninguna interferencia externa directa.

Los orígenes de NERV están en una organización de investigación conocida como GEHIRN. No está claro cuándo fue creada GEHIRN, pero parece que fue establecida poco después del Segundo Impacto. Mientras Tokio-3 y el cuartel general estaban en construcción, GEHIRN operó en el Laboratorio de Evolución Artificial situado en Hakone. Finalmente, cuando el Dogma Central y los superordenadores MAGI fueron completados, la organización fue reestructurada por SEELE para adaptarla a las necesidades del proyecto y pasó a llamarse NERV. Esta reestructuración fue puesta en marcha en el año 2010, poco tiempo después del suicidio de la Dra. Naoko Akagi.

A diferencia de GEHIRN, cuya existencia era oficialmente un secreto (con el Laboratorio de Evolución Artificial sirviendo como fachada ante el público), NERV es una organización semi-pública. En secreto, NERV es respaldada por la misteriosa organización SEELE, la cual controla encubiertamente a las Naciones Unidas. El objetivo final de NERV y SEELE es eliminar a los Ángeles para llevar a cabo el Proyecto de Complementación Humana. Sin embargo, Gendo Ikari tiene sus propios planes y conspira contra las maquinaciones de SEELE.